12 декабря 1796 года Губернии Екатеринославская, Вознесенская и Таврическая упразднены и вместо них назначена одна Новороссийская. А город Одесса причислен к Тираспольскому уезду.
Преемник императрицы Екатерины II, насыщенный, так сказать, ненавистью ко всем фаворитам своей матери, поспешил, прежде всего, именным указом от 12 ноября 1796 года отрешить князя П. А. Зубова от всех должностей, которые были возложены на него Екатериною II. Далее указом декабря 12 дня уничтожалось Екатеринославское наместничество, а вместо него учреждалась Новороссийская губерния, состоявшая из 12 уездов. Одесса была причислена к Тираспольскому уезду.
В это же день вышел Указ Павла, запрещавший самовольный переход поселян с одного места на другое, а также устанавливающий штрафы за предоставление убежища беглецам. Вспоминая об острой нехватке населения в Одессе, становится понятно: в то время это был чрезвычайно чувствительный удар для нашего города.
Новороссийская губерния была упразднена в 1802 году, и было образованно Новороссийское и Бессарабское генерал-губернаторство с центром в Одессе. В его состав входили Херсонская, Екатеринославская и Таврическая губернии, а также Одесское, Таганрогское, Феодосийское и Керчь-Еникальское градоначальства.