Биофизики из Университета Теннеси начали использовать созданный IBM суперкомпьютер SUMMIT для просеивания тысяч молекул и поиска потенциальных соединений, которые можно было бы использовать как новый препарат против коронавируса, что соответствует текущей пандемии коронавирусной болезни COVID-19. На данный момент он уже нашел десятки потенциальных соединений, которые могут блокировать новый коронавирус. Об этом пишет IFLScience, информирует ТСН
После нескольких дней вычислений суперкомпьютера удалось найти по меньшей мере 77 соединений, которые потенциально могли бы предотвратить заражение коронавируса человеческих клеток.
Полученные результаты были недавно опубликованы в работе, доступной на сервере передпечати ChemRxiv. Это означает, что документ ждет экспертной оценки, поэтому исследования следует считать «незавершенным процессом».
Поверхности коронавирусов покрыты колосовидными белками, напоминающими колосок (отсюда и название), что позволяет вирусам связываться с человеческими клетками и заражать их, создавая замок. Понимая белки вирусов и рецепторы хозяев клеток — человека, а также способ взаимодействия с ними других химических соединений, можно выяснить, какие лекарства могут быть эффективными против возбудителя.
SUMMIT был использован для глубокого анализа базы данных с более 8000 соединений, которые известны из имеющихся лекарственных средств, химикатов, растительных лекарств и природных продуктов. Его работа заключалась в выявлении соединений, которые, видимо, способны связываться с пиками белка SARS-CoV-2, блокируя тем самым ключ вируса и теоретически предотвращая его проникновение в клетки организма.
«На это у нас пошел день-два, тогда как на обычном компьютере понадобились бы месяцы», — заявил автор исследования, директор Центра молекулярной биофизики университета Теннесси Джереми Смит.
Конечно, нет никакой гарантии, что любое соединение, найденное суперкомпьютером, будет эффективным на практике. Кроме того, как и любое лекарство, оно требует широкого тестирования и испытаний, прежде чем оно будет рассматриваться как жизнеспособное лечение. Однако работа суперкомпьютера помогла определить несколько перспективных кандидатур для исследователей.
«Наши результаты не означают, что мы нашли лекарство от COVID-19. Однако мы очень надеемся, что наши вычислительные выводы будут информировать будущие исследования, и обеспечат основу, которую эксперименталисты будут использовать для исследования этих соединений и в дальнейшем. Только тогда мы узнаем, имеет ли кто-то из них характеристику, необходимую для смягчения этого вируса «, — сказал Смит.
SUMMIT считается «Формулой 1» среди суперкомпьютеров. Суперкомпьютер, размещенный в Национальной лаборатории Оук-Ридж в штате Теннесси, размером с два теннисных корта, способен обрабатывать более 200 квадриллионов вычислений в секунду. Его используют многие исследователи для различных благородных миссий: от моделирования сверхновой и окружающей среды до обработки данных о раке и генетике.
Это исследование не впервые использует компьютеры для поиска новых лекарств. Только в прошлом месяце исследователи применили новый компьютерный алгоритм, чтобы просеять огромный цифровой архив из более 100 000 000 химических соединений и обнаружили молекулу, которая, по всей видимости, обладает некоторыми очень замечательными свойствами антибиотиков
